Bertrand Lemoine a été enseignant à l'École d'architecture de la Ville et des Territoires à Marne-la-Vallée de 1998 à 2007. Il est intervenu dans de nombreuses écoles d'architecture et d'ingénieurs, en France et à l'étranger. Il participe régulièrement à des jurys de diplôme dans des écoles d'architecture.

Il a dirigé l'École d'architecture de Paris- La Villette de 2006 à 2010.